Kluczowa różnica między bakteriami autochtonicznymi i zymogennymi polega na tym, że bakterie autochtoniczne są rodzimymi lub rodzimymi mikroorganizmami, które rosną i metabolizują w warunkach ograniczonych zasobów odżywczych, podczas gdy bakterie zymogeniczne to grupa bakterii, które do wzrostu wymagają łatwo utleniających się materiałów organicznych.