Zarówno Consensus, jak i Pan PCR podlegają tej samej rutynowej procedurze. Jednak kluczowa różnica między konsensusowym PCR i Pan PCR jest oparta na docelowych starterach stosowanych w każdej procedurze. Podczas gdy konsensus PCR zawsze jest ukierunkowany na konserwowane regiony, Pan PCR jest ukierunkowany na regiony zmienne, aby zidentyfikować różne szczepy w grupie.